O adolescente Shiki é atacado por um homem misterioso. Quando seu pai adotivo o ajuda a fugir, ele descobre sua surpreendente e mítica herança.

Shiki desperta diante de Naito Mudano, membro da Organização Oni. Ele avalia se Shiki tem potencial para fazer parte da organização.

Mudano divide os novos alunos em equipes antes do estranho jogo de pega-pega, mas Shiki logo entra em uma briga com seu colega Jin Kougasaki.

Shiki se esforça demais na luta contra o titã e fica exausto. Sem se preocupar com os companheiros de equipe, Kougasaki tenta derrubar Mudano.

Mudano leva Shiki e os outros para a base da Agência Oni em Quioto. Mas um plano sinistro para destruir o santuário secreto do grupo já está em andamento.

Forçada a enfrentar seus companheiros caídos e reanimados, a Unidade de Suporte fica sobrecarregada, colocando a base de Quioto em risco.

Após o ataque-surpresa de Tsubakiri, Oiranzaka tenta ganhar tempo para que os outros consigam escapar da armadilha de bactérias negras de Yomogi.

Apesar da confiança de Sazanami, um dos Uglies a domina com facilidade. Apavorado e paralisado, Kiriyama assiste a tudo de seu esconderijo.

Ao abrir um caixão de onde sai o cadáver reanimado de um agente da facção Momotaro, Tsubakiri alega que ele mesmo escolheu se tornar uma marionete.