Sete meses depois de Bones e Booth deixarem o país no final da temporada passada, Caroline chama os dois de volta ao Jeffersonian para ajudar a salvar o emprego de Cam, enquanto eles trabalham com ela e o resto da equipe para resolver um caso polêmico.

Os restos mortais de um casal descobertos em uma caverna situada em um Parque Nacional cria um mistério duplo: quem são eles e por que foram mortos? Enquanto isso, a namorada de Booth retorna inesperadamente de seu trabalho como correspondente no Afeganistão, deixando Brennan insegura quanto ao seu relacionamento com Booth.

Brennan e Booth vão para Jersey Shore quando restos decompostos são descobertos; a equipe gosta da namorada de Booth; Angela tenta manter um segredo.

Quando um crânio e mãos em decomposição são encontrados em uma lixeira, a equipe procura pelos outros restos mortais da vítima; Brennan concorda em filmar um episódio de um programa infantil com o professor Bunsen.

Um bailarino é assassinado e Booth e Brennan são levados a suspeitar de um grupo de dançarinos de rua. Enquanto isso, a namorada de Booth, Hannah, é baleada, deixando Booth preocupado com a saúde dela.

Os restos mortais de um jovem são encontrados em um navio negreiro naufragado há 150 anos e com o qual a equipe está trabalhando. A investigação de Brennan e Booth os leva a outro tipo de navio. Enquanto isso, Cam encontra uma ligação pessoal com o Amelia Rose, e Sweets tem dificuldades com Daisy.

Um evento para um confeiteiro (Wayne Knight) torna-se ruim quando restos humanos são descobertos na maior barra de chocolate do mundo; Cam luta contra a decisão de sua filha de ir a uma faculdade que não cumpre os seus altos padrões.

A equipe investiga um caso envolvendo um corpo carbonizado encontrado em um caminhão que pegou fogo. Descobrir a verdadeira causa da morte é um grande problema diante do estado em que o corpo foi encontrado. A investigação leva Booth e Brennan a uma escola de ensino médio local, onde as respostas podem estar em um relacionamento proibido. Enquanto isso, Hannah tenta se aproximar de Parket e Sweets busca se manter focada enquanto ajuda Daisy a se preparar para um teste exigido pelo governo.

Booth e Brennan investigam a misteriosa morte de uma cirurgiã cuja vida e morte desafiam a lendária objetividade de Brennan. Conforme a equipe busca evidências, Brennan se identifica cada vez mais com a brilhante médica e sua vida, algo que a faz questionar algumas de suas próprias escolhas.

A equipe investiga um caso envolvendo um corpo encontrado em um banheiro e que tem ligação com uma operação de falsificação. Enquanto isso, Hodgins e Angela têm decisões a tomar sobre família e residência, e Booth conta a verdade para Hannah sobre os sentimentos de Brennan por ele.